В Ubuntu Server 18 и более новых версиях по умолчанию при установке ставится пакет unattended-upgrades. Этот пакет используется для автоматической установки всех обновлений или только обновлений безопасности Ubuntu.
dpkg -l | grep unattended-upgrades

Именно благодаря этому пакету вы можете встретиться с таким сообщением при перезагрузке Ubuntu:
Unattended-upgrade in progress during shutdown, please don’t turn off the computer

Параметры проверки обновлений и их установки в системах Ubuntu/Debian задаётся в /etc/cron.daily/apt. Файл запускается из /etc/crontab по умолчанию в 06:25. Так что, если у вас примерно в это время что-то сломалось, скорее всего проблема связано с автоматическим обновлением.
Чтобы полностью удалить пакет unattended-upgrade и все его компоненты:
sudo apt-get -y remove unattended-upgrades
sudo systemctl stop apt-daily.timer
sudo systemctl disable apt-daily.timer
sudo systemctl stop apt-daily-upgrade.timer
sudo systemctl disable apt-daily-upgrade.timer
sudo systemctl disable apt-daily.service
sudo systemctl daemon-reload
Либо можно отключить автоматическое обновление Ubuntu в файле:
sudo vi /etc/apt/apt.conf.d/20auto-upgrades
APT::Periodic::Unattended-Upgrade "0"; APT::Periodic::Update-Package-List "0";
Если вы все-таки решите настроить автоматическое обновление в Ubuntu через unattended-upgrades, используйте команду:
sudo dpkg-reconfigure unattended-upgrades

В файле /etc/apt/apt.conf.d/50unattended-upgrades можно указать, какие обновления вы хотите устанавливать автоматически:
Unattended-Upgrade::Allowed-Origins {
"Ubuntu precise-security";
// "Ubuntu precise-updates";
};
Можно запретить автоматическое обновление определенных пакетов:
Unattended-Upgrade::Package-Blacklist {
"vim";
"libc6";
"libc6-dev";
// "libc6-i686";
};
Чтобы включить автоматическое обновление в настройках apt, добавьте следующие опции в файл /etc/apt/apt.conf.d/20auto-upgrades
APT::Periodic::Update-Package-Lists "1"; APT::Periodic::Download-Upgradeable-Packages "1"; APT::Periodic::AutocleanInterval "7"; APT::Periodic::Unattended-Upgrade "1";
С такими настройками сервер Ubuntu будет обновлять и устанавливать обновления ежедневно.
Лог unattended-upgrades хранится в журнале /var/log/unattended-upgrades.
